La experiencia de NBD reside en la aplicación de herramientas de química computacional destinadas a acelerar, agilizar y optimizar el diseño de pequeñas biomoléculas.
Con este objetivo hemos creado la Plataforma NBD, una solución de software integral para el diseño de biomoléculas que abarca el modelado molecular en el descubrimiento de fármacos, la ingeniería de enzimas y los ácidos nucleicos con paquetes de bioinformática e inteligencia artificial. Su núcleo se basa en PELE, un algoritmo propio de Monte Carlo que puede explorar, en cuestión de horas, una amplia región del espacio conformacional de los sistemas biológicos. Es adecuado para obtener el modo de unión de pequeñas moléculas en un sitio de unión de proteínas, teniendo en cuenta la flexibilidad de las cadenas laterales circundantes. Esta plataforma puede combinarse con otras técnicas computacionales, como las simulaciones de Dinámica Molecular, para proporcionar una imagen de las macromoléculas resuelta en el tiempo que describa explícitamente su espacio conformacional accesible y el acoplamiento de su dinámica, el ligando o ligandos potenciales y el disolvente.