Esta enfermedad provoca un grave déficit visual en los niños desde los primeros meses de vida y se reconoce por la persistencia de nistagmus (movimientos pendulares continuos de los dos ojos) a partir del tercer mes de vida, intensa fotofobia y enoftalmos (aspecto de los ojos hundidos). La pérdida de la visión en niños con LCA ocurre cuando las células fotorreceptoras de la retina (bastones y conos) dejan de funcionar. Los conos (permiten la visión durante el día y la visión con colores) y los bastones (permiten la visión nocturna o en lugares poco iluminados.
La LCA se caracteriza por una agudeza visual gravemente reducida (≤ 20/400) o ceguera durante el primer año de vida. Dependiendo de la causa genética, pueden presentarse respuesta pupilar lenta, movimientos oculares errantes, fotofobia, hipermetropía elevada, nistagmo, estrabismo convergente o queratocono.
El signo óculo-digital de Franceschetti, consistente en apretar, presionar y frotar los ojos es característico de la enfermedad y permite establecer el diagnóstico. La amaurosis congénita de Leber puede también estar asociada a mutaciones en genes ligados a otros síndromes que se cursan con retraso del neurodesarrollo, discapacidad intelectual, apraxia (dificultad del movimiento ocular) y disfunción renal.