¿Qué son?

Generalmente son obtenidos mediante su selección desde genotecas de oligonucleótidos combinatoriales, mediante el método SELEX (de sus siglas en inglés: Systematic Evolution of Ligands by Exponential Enrichment), que permitirá seleccionar aquel oligonucleótido de la genoteca utilizada que se une con más afinidad a la molécula diana.

Estos oligonucleotidos tienen una región central de tamaño variable y con una secuencia aleatoria, y dos regiones flanqueantes de secuencia conocida. La longitud total del aptámero suele variar entre los 70 y los 100 nucleótidos, incluyendo una secuencia fija o primer en cada extremo del aptámero, para su amplificación por PCR (es una de las fases del método de selección). La longitud de la región central con secuencia al azar suele estar comprendida entre los 30 y 60 nucleótidos.

Estas moléculas son capaces de adoptar estructuras globulares lo que les permite exhibir unas complejas y sofisticadas propiedades de reconocimiento molecular siendo capaces de unirse de una manera estable y muy específica a sus dianas. Dichas dianas moleculares pueden ser pequeñas moléculas como ATP, proteínas, ácidos nucleicos y complejas estructuras multiméricas.

Existe también un tipo de aptámeros basado en cadenas peptídicas, diseñados para interaccionar con otras proteínas dentro de las células. Consisten en un bucle peptídico variable adjunto a los extremos de una proteína soporte. Esta estructura incrementa la afinidad del aptámero peptídico a niveles comparables a los anticuerpos (rango nanomolar).